Efter sektoransvarsprincippet varetager Søfartsstyrelsen det søsikkerhedsmæssige beredskab for danske skibe. Styrelsen har beredskaber til blandt andet at opretholde udstedelse af certifikater til danske skibe og søfarende, skibsregistrering, havnestatskontrol af udenlandske skibe i dansk havn samt sikring af søtransport under Skibsfartsnævnet.
Søfartsstyrelsens beredskabsplaner vurderes løbende ud fra trusselsvurderingerne fra efterretningstjenesterne og Styrelsen for Samfundssikkerhed.